2001年8月15日，經東莞市人民政府同意，松山湖科技產業園有限公司領取了營業執照，為國有獨資公司，注冊資金20億元人民幣，負責松山湖科技產業園的開發建設。

2002年9月6日，東莞市松山湖科技產業園有限公司核資、更名為“松山湖控股有限公司”，注冊資本為4億元人民幣。

2002年9月20日，東莞市松山湖科教投資有限公司正式成立，為松山湖控股有限公司屬下二級子公司，經營范圍為投資科學教育業，注冊資本為1億元人民幣。

2002年9月24日，東莞市松山湖物業管理有限公司正式成立,為松山湖控股有限公司屬下二級子公司，經營范圍為物業租賃、物業管理、物業修繕，注冊資本為50萬元人民幣。

2002年9月26日，東莞市松山湖房地產有限公司正式成立,為松山湖控股有限公司屬下二級子公司，經營范圍為松山湖區的房地產開發經營，注冊資本為1000萬元人民幣。

2002年9月27日，東莞市松山湖水務有限公司正式成立,為松山湖控股有限公司屬下二級子公司，經營范圍為自來水管道鋪設、安裝及自來水供應，注冊資本為人民幣3000萬元。

2002年10月30日，東莞市松山湖園林景觀工程有限公司正式成立,為松山湖控股有限公司屬下二級子公司，經營范圍為園林景觀綠化工程，景觀市政工程的設計及施工，花卉苗木種植、銷售、收購。注冊資本為50萬元人民幣。

2002年11月17日，東莞市松山湖工業發展有限公司正式成立,為松山湖控股有限公司屬下二級子公司，經營范圍為投資興辦工業，國內商業、物資供銷業，工業投資信息咨詢服務，產銷相關電子零配件及成品（另設分支機構經營）。注冊資本為1000萬元人民幣。

2004年1月東莞市松山湖公用事業有限公司注冊成立，為松山湖控股有限公司屬下二級子公司，公用事業公司由原來的松山湖園林公司、水務公司、物業公司，三家公司合并而成。公用公司注冊資金為3450萬元人民幣。

2008年6月5日東莞市汽車運輸有限公司成立，經營范圍包括縣際班車客運，縣內班車客運，出租客運（憑有效許可證經營），注冊資金100萬元人民幣。

2008年6月23日，東莞市松山湖物業管理有限公司重新成立，為松山湖控股有限公司屬下二級子公司，經營范圍包括物業管理、物業租賃服務等，屬三級資質物業管理企業，是東莞市松山湖控股有限公司下屬5大子公司之一。注冊資本為500萬元人民幣。

2008年6月30日，東莞市在水一方商務酒店有限公司成立。經營范圍：旅業、足浴、膝下足部按摩、西餐制售，注冊資金為130萬元人民幣。

2008年7月14日,東莞市松山湖旅行社公司成立，屬全資國有企業，為松山湖控股有限公司屬下二級子公司。主要從事松山湖旅游及相關行業開發、經營及推廣等工作。主要經營管理以下項目：團隊業務、代訂機票、酒店、松湖煙雨景區、松湖花海景區、在水一方南部餐廳、馬術俱樂部、公共自行車、綠道驛站餐廳、桃源公園升級改造、濱湖路安保工作、桃源公園養護、廣東特產店、夢幻百花州（合作）。注冊資本為500萬元人民幣。

2010年1月15日，東莞市松山湖夢幻電影有限公司成立，經營范圍包括電影院經營管理、電影放映（憑有效許可證經營），注冊資金為10萬元人民幣。

2011年5月19日，東莞市松山湖在水一方苗木有限公司成立，經營范圍包括苗木種植、銷售（不含種子）；園林綠化工程注冊資金10萬元人民幣。

2011年10月，控股公司戰略調整，重新定位，重組架構和業務。新增人力資源部、投資管理部；原房地產公司與工業公司合并為房地產公司，新增科技服務公司和科技投資公司。至此，松湖控股共擁有4個職能部門和6家子公司：辦公室、財務部、人力資源部、投資管理部；房地產公司、公用事業公司、科技服務公司、科技投資公司、物業管理公司、旅行社公司。

2013年3月，為適應松山湖高新區發展，配合高新區的發展戰略和工作計劃，加快企業改革與發展步伐，落實公司總體發展戰略，不斷健全現代企業制度，根據管委會最新精神和工作安排，公司按照“人員精簡、板塊清晰、職能互補、協作順暢”原則，對內部業務和組織架構進行調整。至此，公司共下設4個職能部門和9家二級子公司：行政部、管理部、財務部、人力資源部、房地產公司、公用事業公司、科技服務公司、大學創新城建設發展公司、信息網絡公司、城市建設管理公司、汽車運輸公司、物業管理公司、旅行社公司。

其中，東莞市大學創新城建設發展有限公司成立于2013年3月11日，經營范圍為科技園區開發運營、房地產開發、創業投資、科技交流與推廣、科技中介服務。注冊資本為1000萬元人民幣。2013年7月，市委、市政府決定由東實公司作為大學創新城投資主體，隨后進行股權轉讓。

東莞市松山湖汽車運輸有限公司于2013年4月19日變更股東，升級為東莞市松山湖控股有限公司二級子公司。

東莞市高新區科技投資有限公司于2013年4月25日更名為東莞市松山湖信息網絡有限公司，經營范圍變更為互聯網信息服務、計算機系統、網絡系統和安全防范設備的設計、集成、安裝和維護、計算機軟件、硬件和輔助設備的銷售。注冊資本1000萬元。

2014年1月24日，東莞市松山湖能源投資有限公司成立，經營范圍為能源項目投資；危險化學品的批發、零售；承裝、承修、承試供電設施的受電設施。注冊資金1000萬元。

2014年1月，根據公司未來三年發展戰略，結合現階段發展實際，公司制定了組織架構及分工調整方案，業經管委會黨政聯合通過。原管理部根據職能劃分為運營管理部與投資管理部。至此，公司共下設5個職能部門和9家二級子公司：行政部、運營管理部、投資管理部、財務部、人力資源部，以及房地產公司、公用事業公司、科技服務公司、信息網絡公司、城市建設管理公司、汽車運輸公司、物業管理公司、旅行社公司、能源投資公司。

2015年，為貫徹做好松山湖與生態園統籌發展的工作指示，兩園控股公司通過資產摸底，業務吸收合并，實現了合并辦公，并根據管委會的統一行動部署，妥善安排了在公司任職的公務員與事業編人員回歸機關，接收了借調在管委會各部門的公司員工，逐步理順了工作關系，做到了“工不停、人不亂、事不斷”。

2016年，公司根據發展需要，調整了組織架構。目前，下設6個職能部門和9家子公司：辦公室、財務部、人力資源部、運營管理部、合約法務部和項目開發部，以及房地產公司、城市建設管理公司、科技服務公司、信息網絡公司、公用事業公司、汽車運輸公司、物業管理公司、旅行社公司、能源投資公司。